Програмне забезпечення

Операційна система: Rocks 7.0

Бібліотеки програм: MPICH2, OpenMPI, FFTW, GotoBLAS, gsl.

Інтерфейс паралельного програмування: MPI

Мови програмування: С / С++, Fortran-77/90/95; Perl; Python.

Програмне забезпечення для роботи з GP GPU: CUDA 5.0 Production Release.

Для проведення розрахунків користувачі можуть скористатися як власними програмами, так і готовими програмними пакетами. Посилання на деякі з таких пакетів програм подані нижче.

Список програм та їхні сторінки в Інтернеті:

біохімія, біофізика, біоінформатика

• HMMER – реалізація методів HMM profile для чутливих пошуків у базі даних із використанням множинного вирівнювання послідовностей як запитів – hmmer.janelia.org
  
• NCBI BLAST – Basic Local Alignment Search Tool, збірка інструментів, які використовуються, щоб шукати і знаходити області локальної схожості між послідовностями. Програма порівнює нуклеотидні або протеїнові послідовності з базою даних послідовностей, і обчислює статистичне значення відповідностей. Розробник National Center for Biotechnology Information – www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
• MPI-Blast – програма, яка паралеізує алгоритми NCBI BLAST, використовуючи бібліотеку MPI. Розробник Los Alamos National Laboratory – mpiblast.lanl.gov
• biopython – набір скриптів, написаних на Python, для біологічних розрахунків – www.biopython.org
• ClustalW – програма множинного вирівнювання послідовностей. Розробник European BioInformatics Institute – www.ebi.ac.uk/clustalw/
• MrBayes – програма, використовувана для байєсівського виведення філогенезу. Розробник School of Computational Science at the Florida State University – mrbayes.csit.fsu.edu
• T-Coffee – пакет множинного вирівнювання послідовностей. Розробник Information Genomique et Structurale at Centre National de la Recherche Scientifique – The T-Coffee Home Page
• Emboss, European Molecular Biology Open Software Suite – набір інструментів, які використовуються для аналізу послідовностей.  Розробник European Molecular Biology Institute – emboss.sourceforge.net
• Phylip, Пакет Виведення Філогенезу – пакет програм для виведення філогенезу або еволюційних дерев. Розробник Dept. of Biology at the University of Washington – evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
• fasta – програма, яка використовується, щоб знайти у банках даних послідовності ДНК або протеїнів. Розробник University of Virginia – fasta.bioch.virginia.edu
• Glimmer – система для пошуку генів у мікробній ДНК, зокрема в геномах бактерій, archaea і вірусів. Розробник Center for Bioinformatics and Computational Biology at the University of Maryland – www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/
• TIGR Assembler – інструмент транслювання великих проектів
  встановлення послідовностей методом дробовика. Розробник J. Craig Venter Institute – www.jcvi.org/cms/research/software/
• NAMD, MD код для великомасштабного біомолекулярного моделювання, від Theoretical Biophysics Group в University of Illinois
• База даних програмного забезпечення структурної біології від групи Klaus Schulten
• Обчислювальні ресурси біохімії, додаток до книги Computational Biochemistry and Biophysics, є величезна кількість посилань на програми МД, силові поля, згортання білка і т.д. (див. також непряме посилання)
• Програми genamics.com: списки посилань на безкоштовне програмне забезпечення для молекулярної біології та біохімії (у тому числі Linux як платформи)
• Обчислювальні засоби біології від Cornell Theory Center (Elber & Scheraga), в тому числі наприклад, згортання білків з допомогою молекулярної динаміки з мінімізацією, а також молекулярна динаміка, визначення білків і т.д.
• AutoDock, від Art Olson's group в Scripps Research Institute
• Molecular Modelling Toolkit, від Konrad Hinsen
• Multidock, для протеїн-протеїнового докінгу
• NMRCLUST, автоматична кластеризація ансамблю білкових структур
• FlexX, молекулярний докінг від Tripos
• DSSP стандартна програма визначення вторинної структури від Kabsch і Sander
• CaGe, генератор графів, а також переведення в 3D- координати
• deap, розподілені еволюційні алгоритми на python
• WhatIf, Програма перегляду структури білка, аналізу та маніпуляцій з безліччю корисних функцій (див. також  посилання на веб-інтерфейс для деяких функцій)
• Dino3D, Візуалізація біомолекул, поверхонь і т.д. (ці сторінки також містять хороший вступ до роботи з Povray)

молекулярна динаміка, квантова хімія, теоретична фізика, теоретична хімія

• GROMACS – Groningen MAchine for Chemical Simulation – універсальний пакет для моделювання молекулярної динаміки для систем від сотень до мільйонів частинок. Розробник Groningen University – www.gromacs.org
• Adaptive Poisson-Boltzmann Solver (APBS) – програма для оцінки електростатичних властивостей нанорозмірних біомолекулярних систем. Розробник Pacific Northwest National Laboratory – http://www.poissonboltzmann.org/apbs
• QCPE, сайт обміну програмами з квантової хімії (лише домашня сторінка; дальші контакти можливі лише через telnet/ftp); більше інформації: QCPE via CCL
• бібліотека програм CCP5 для молекулярної динаміки та суміжних речей, включно з ftp-доступом до програм з книги Allen&Tildesley: "Computer Simulation of Liquids"
• Computer Physics Communications та його бібліотека програм
• Програма MOLSCAT для непружного розсіяння, J.M.Hutson і S.Green (тут – локальна копія документації)
• Mopac7, вільна версія Mopac
• Spartan, від Wavefunction Inc. (Warren Hehre, UC Irvine)
• Jaguar, від Schroedinger Inc.
• PC-GAMESS, порт GAMESS-US на Windows та Linux (є також дзеркало)
• GAMESS-UK, від Computing for Science Ltd.
• Gamess-US, і відповідний дискусійний список e-mail
• анотовані входи і вижоди Gamess, від Brian Salter Duke
• Dalton, інша вільна програма квантової хімії
• Офіційна сторінка Molpro в Кардіфі (тут офіційне дзеркало у Штуттгарті).
• Офіційна сторінка Gaussian, з онлайновим керівництвом користувача (або TechInfo) для G98
• Turbomole, від Ahlrichs та ін., Карлсруе; починаючи з жовтня 2005 р. поставляється COSMOlogic, із онлайновим керівництвом користувача і добрим навчальним посібником
• ORCA, від Frank Neese (Боннський унів.)
• Q-Chem, від Head-Gordon, Gill, et al.
• AcesII
• ADF
• CRYSTAL03 у Турині (старе посилання) (і в Daresbury), онлайновий навчальний посібник
• PWscf, вільна програма SCF плоских хвиль від SISSA, Трієст
• FLEUR, офіційна імплементація FLAPW
• WIEN2k, інша імплементація FLAPW
• Siesta, альтернатива для розрахунків DFT твердого тіла
• VASP, конкурент CPMD від Віденського університету
• PHONON, для розрахунків фононів у твердому тілі, з інтерфейсами до VASP, Siesta, Wien2k,... (тільки для Windows)
• Babel: перетворення форматів файлів молекулярного моделювання, і його наступник Open Babel
• MOLGEN, від Department of Mathematics II, University of Bayreuth
• Персональна сторінка Mike Allen, з посиланням для всіх вихідних кодів демонстраційних програм книги "Computer Simulation of Liquids" від Allen/Tildesley
• Список програмного забезпечення з хімії від Rolf Claessen
• MOPAC manual (старіша версія)
• AIMPAC, набір програм для Bader's Atoms in Molecules
• Lucretius МД-код від G.D.Smith (Юта)
• CHARMM
• Бібліотека DYNAMO для молекулярної динаміки з підтримкою QM/MM, від M.J.Field та ін.
• NWChem, програмне забезпечення CompChem від EMSL, Pacific Northwest National Lab
• WebMO, WWW-інтерфейс до Gaussian, GAMESS і MOPAC
• TINKER, вільний набір програм МД від Jay Ponder та ін., Washington University, St. Louis
• Moldy, вільний набір програм МД від Keith Refson, Oxford (є список інших вільних та комерційних програм МД)
• AMBER
• Програми з хімії для Linux від Nikodem Kuznik (на сьогодні частина розділу хімії WWW- віртуальної бібліотеки)
• Програми з хімії для Linux від Carlo Nervi
• AMMP (MD and modeling program), з модифікованою версією UFF
• База даних параметрів AMBER від Richard Bryce, Manchester
• CPMD, домашня сторінка (вільна ліцензія, скачування, FAQ, тощо)
• MACSIMUS, вільне програмне забезпечення розрахунку полів сил і МД для макромолекул, білків і т.д.
• Avisto, інтегративне середовище CompChem від Astonis
• LAMMPS, молекулярна динаміка від Sandia National Lab, потужний набір паралельних програм на C++
• Pizza.py набір інструментів для траєкторних розрахунків МД.
• Adaptive Simulated Annealing від Lester Ingber
• Genetic Algorithm in FORTRAN від David L.Carroll
• Parallel Genetic Algorithm Library, від David Levine
• Molecular Packing Analysis Software, від D.E.Williams (Louisville)
• Polymorph Predictor (Передбачення кристалічної структури, від Accelrys (ex-MSI))
• UPACK (crystal structure prediction, by B.P.van Eijck, Utrecht)
• RasMol
• розширений RasMol, від UC Berkeley
• Molden
• Jmol, OpenScience / open source проглядач і редактор молекул
• Marvin, програма на Java для малювання / відображення хімічних структур в Інтернеті
• gOpenMol від Leif Laaksonen, частина проекту OpenMol від Geerd Diercksen (Garching) (gOpenMol має тепер і навчальний посібник)
• Spock, програма молекулярної графіки від Jon A. Christopher (є версія для Linux)
• VMD, візуальна молекулярна динаміка, від Klaus Schulten's Theoretical Biophysics Group в University of Illinois
• Molekel від Stefan Portmann, Swiss Center for Scientific Computing
• PyMOL (див. також це посилання)
• Chemtool, молекулярна графічна програма для Linux (див. також це давніше посилання)
• XCrysDen, програма візуалізації твердого тіла і молекул, з інтерфейсами до Gaussian, Crystal, PWscf, Wien2k,...
• XMakeMol від Matt Hodges
• Ghemical, напівемпіричних пакет CompChem з конструктором молекул.
• Ghemical-GMS, спеціальна версія Ghemical як front- і back-end для Gamess
• Gabedit (зчитує дані молекул з вихідних файлів molpro/Gaussian; може виробляти вхідні файли Povray)
• Mol2Mol, візуальні перетворення між різними форматами файлів молекул, з виходом PovRay (на жаль, тільки для Windows)
• UCSF Chimera, переглядач молекул
• PoVRay

загальні наукові обчислення

• Netlib Repository у UTK/ORNL: LAPACK з онлайновим Users' Guide 2.0, і подібні внльми корисні бібліотеки (дзеркала: Німеччина, Англія, Норвегія); новинка – GUI до Lapack
• GAMS : Guide to Available Mathematical Software від National Institute of Standards and Technology; включає також TOMS: Transactions on Mathematical Software (альтернативна адреса) і NIST Sparse BLAS
• Plato, сучасна версія GAMS, спрямована на безкоштовне програмне забезпечення для задач оптимізації
• Numerical Recipes, в тому числі повний текст та завантаження процедур (НЕ вільне!)
• Numerical Recipes в тому числі повний текст та завантаження процедур (НЕ вільне!), від The Universal Library у Carnegie Mellon
• IMSL
• NAG
• Бібліотека математичних підпрограм PORT від Bell Labs (див. також це посилання для більшої кількості програмного забезпечення, яке розповсюджується аналогічно)
• Harwell Software Library, зараз у вільному доступі для академічного використання
• Програмне забезпечення SciTech
• UG: адаптивне багатосіткове розв'язування диференційних рівнянь у частинних похідних
• Mathematics Archives, довгий список посилань на сайти з математичного програмного забезпечення
• Matrix Market, колекція тестових матриць
• The Fortran Market (старе посилання), з покажчиками на все, що пов'язано з Fortran; див. також The Fortran Library
• cfortran, інструменти для машинно-незалежного інтерфейсу між C і Fortran
• Вільнодоступне програмне забезпечення для лінійної алгебри, скомпільоване Jack Dongarra
• Akademische Software Kooperation ASK, надання комерційного програмного забезпечення та ліцензій за низькимим академічними цінами
• ASKnet в обчислювальному центрі Штуттгартського університету
• Служба підпрограм на замовлення для розріджених матриць, Лейденський університет.
• Pseudopack, пакет програмного забезпечення псевдо-спектрального диференціювання.
• Швидка бібліотека FFT від M.Frigo і S.G.Johnson, MIT; але краще дивіться наступника:
• FFTW, "найшвидше перетворенням Фур'є на заході", від M.Frigo і S.G.Johnson, MIT; вражаючі результати на різноманітних платформах.
• Математичні і графічні бібліотеки на NCAR/UCAR
• mathtools.net, з колекцією посилань, пов'язаних із програмуванням на Фортрані.
• Науковий Web, пропонує огляд "усіх" відомих програм у галузі науки.
• Офіційний сайт GNU
• Інформаційне дерево GNU в University of Utah
• Каталог програмного забезпечення GNU
• OpenScience, колекція (яка, сподіваємося, зростає) посиланнь на безкоштовні, з відкритим вихідним кодом програми для всіх областей науки.
• Програмне забезпечення Linux для вчених, список від S.Baum
• Список наукового програмного забезпечення Linux на SuSE
• gnuplot FAQ на Uni Karlsruhe
• Програмне забезпечення та інформаційні ресурси з хімії
• Simtel.Net: умовно-безкоштовні, безкоштовні програми і програми, що є суспільним надбанням, для DOS і для Windows (див. також альтеннативну адресу у США і дзеркало в Німеччині), містить також багато інших цікавих посилань, наприклад, до портів програмного забезпечення GNU для DOS.
• ports of Утиліти gnu на windows від Karl Syring
• tucows, Остання колекція програмного забезпечення Winsock (включає в себе довгий список дзеркал по всьому світу, див., наприклад,: дзеркальний сайт в Німеччині).
• Офіційна домашня сторінка GNU
• Наукове програмне забезпечення для Linux
• Essential Lahey Fortran 90, власне підмножина повної специфікації Fortran 90, що усуває більшість старого небажаного з Fortran 77 (автономний компілятор безкоштовний, повна система платна)
• SAL (Scientific Applications on Linux), інформація та посилання на наукові програми на збірках Linux, (див. також дзеркало в Німеччині)
• Бібліотеки для Intel Pentium Linux (BLAS, FFT, моніторинг продуктивності, підвищена точність), від Sandia National Lab (Greg Henry)
• ATLAS (automatically tuned linear algebra software), від Whaley і Dongarra, (тепер на цьому сайті)
• Linux International
• Linuxberg (дзеркало на сайті FH-Heilbronn): тонни програмного забезпечення Linux на всі випадки життя...
• PhatLinux: Linux, що встановлений і працює на розділі Windows.
• VMware, менеджер віртуальних машин.
• Wine, вільна реалізація Windows на UNIX, дозволяє виконувати немодифіковані бінарні файли Windows 3.1/96/NT під ОС Unix Intel, включаючи Linux, FreeBSD і Solaris.
• The Linux Documentation Project
• Сторінки MPI і MPICH відділу математики та комп'ютерних наук Argonne National Laboratory
• Linux для високопродуктивних обчислень від Інституту технічної та наукової математики, дистрибутив університету Кайзерслаутерн, Німеччина.
• Mersenne Twister, чудовий генератор випадкових чисел від M.Matsumoto і T.Nishimura
• PGPLOT, прості малюнки прямо з Fortran
• DISLIN, безкоштовна бібліотека графіки для f90/f95 (та інших мов).
• gnuplotfortran, спосіб управління сесії GNUPLOT зсередини програми f90/f95.
• DDD, графічний інтерфейс відлагоджувача, розроблений, щоб забезпечити хороший GUI для відлагоджувачів командного рядка типу DBX, XDB, і т.д.
• Intel Fortran compiler для Linux.
• Intel Linux Fortran Compiler Comparisons від Polyhedron Software
• Домашня сторінка Grace (WYSIWYG-програма побудови рисунків для X Windows; включена в SuSE linux як "xmgrace").
• PC Cluster Consortium, зі своїм програмним забезпеченням кластеру Score PC
• Clusters@top500.org, інший сайт з великою кількістю програмного забезпечення кластерів, а також рейтингами продуктивності апаратного забезпечення і т.д.
• Linux на лаптопах, Великий вибір посилань і HowTo
• Putty, вільний клієнт ssh/scp для Windows.

Список постійно оновлюється. Слідкуйте за змінами на сторінці.